農藥殺菌劑的使用方法有多種，每種使用方法都是根據病害發生的規律設計的。常見的使用方法主要有：對田間地上作物噴藥，土壤消毒和種菌消毒三種。
  
      針對田間作物噴藥，影響殺菌劑田間防病效果的因素也不外乎藥劑、環境、作物三個方面，但殺菌劑在施用技術上比殺蟲劑和除草劑的施用技術要求更高，尤其要充分了解病害的發生和發展規律，因為病害的發生和發展不象蟲害和草害那樣一目了然。對田間農作物噴藥要注意兩點：首先是藥劑的種類和濃度。藥劑種類的選擇決定于病害類型，所以先要作出正確的病害類型診斷，然后才能對癥下藥。如稻瘟病可選稻瘟凈、稻瘟靈、三環唑等，小麥白粉病、銹病要選三唑醇、三唑酮等，花生葉斑病要選甲基托布津等。但還應注意的是同樣的病若發生在不同的作物上，有時也不能用同一種藥劑，如波爾多液可防治霜霉病，但易對白菜產生藥害，故不宜防治白菜霜霉病。藥劑的種類選擇后，還要根據作物種類及生長期、殺菌劑的種類和劑型、環境條件等選擇合適的施用濃度。一般農藥使用說明書都有推薦使用濃度，可以按說明使用，但最好還是根據當地植保技術部門在藥效試驗基礎上提出的使用濃度進行施用。干旱或炎熱的夏天應當降低使用濃度，避免產生藥害。其次，使用殺菌劑時還要注意使用時期和使用次數，掌握好噴藥時期的關鍵是掌握病害發生和發展的規律，做好病害發生的預測預報工作，或根據當地植保部門對作物病害的預測預報做好噴施殺菌劑的準備。一般情況下殺菌劑的噴灑都是在病害發生的初期進行，如稻瘟病等，尤其在高溫天氣，稻瘟病發展快，應立即噴藥。而花生葉斑病害發展比較慢，剛發病時不要輕易噴藥，更不能在發病前噴藥，而是在發病后形成一定的發展趨勢時開始噴藥。氣候條件有利于病害迅速發展時要立即著手噴藥，有時為了控制病情不得不在下毛毛雨時候也噴藥。噴藥時期決定于病害發展規律外，還要考慮到作物的生育期，很多病害的發生都是與作物的某一生育階段相聯系。此外，還要注意作物各生育期對殺菌劑的耐受力，防止產生藥害。植物病害的發生和發展往往要一段時間，噴灑殺菌劑也很難一次解決問題，往往需要噴灑多次。噴灑次數的多少主要決定于病菌再侵染情況，殺菌劑的殘效期以及氣候條件、光照、溫度和降雨等。
  
      種苗消毒。浸種要用乳濁液和溶液，不能用懸浮液，即可濕性粉劑不能用來浸種。浸種的關鍵是藥液濃度和浸種時間，操作不當會造成滅菌效果差或造成藥害。其它因素如溫度、種子類型、病菌所在部位等也影響浸種效果。一般情況下，在種子類型、氣溫、藥劑種類確定后，藥劑濃度和浸種時間是可以協調的，濃度高可適當延長浸種時間。病菌所在部位較深或種皮堅硬可適當延長浸種時間，氣溫高可適當縮短浸種時間。拌種時要求種子和藥粉都必須是干燥的，否則會造成拌種不均勻，產生藥害，影響種子的發芽率。藥粉用量一般占種子重量的0.2%~0.5%，拌種時藥劑和種子都要分成3~4批加入，然后適當旋轉拌種容器使之拌和均勻。內吸性殺菌劑出現以后，近年來又出現了一種新的拌種方法——濕拌法。即把藥粉用少量的水弄濕，然后拌種，或把干的藥粉拌在濕的種子上，使藥粉粘在種子表面，待播種之后，藥劑慢慢溶解并吸收到植物體內向上傳導。
  
      棉花枯萎病、黃瓜枯萎病等土傳病害，除了可以用浸種或拌種法防治外，還可以采用土壤消毒法防治。土壤消毒首先要根據病害種類選擇適當的殺菌劑，再根據藥劑理化性質與土壤結構和性質選擇適當的土壤處理方法。澆灌法適合于水溶性殺菌劑，將藥劑調整到適當濃度以后，于每平方米地面上澆灌5~10千克左右的藥液，土壤較干燥時可以采用較低濃度的藥液，適當增加澆灌體積；土壤潮濕時可以采用高濃度小體積澆灌法。蒸氣壓較高的殺菌劑可以采用犁底或犁溝施藥，即將藥粉或藥液均勻撒入第一犁的溝底，用第二犁翻上的土將藥劑蓋住，此法不適合過于粘重的土壤，還可以將藥粉或藥液施在土壤表面后，隨即翻土將藥劑埋入土壤中。

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