農藥殺菌劑的作用方式有兩種：一是保護性殺菌劑，二是內吸性殺菌劑。

      保護性殺菌劑在植物體外或體表直接與病原菌接觸，殺死或抑制病原菌，使之無法進入植物，從而保護植物免受病原菌的危害。此類殺菌劑稱為保護性殺菌劑，其作用有兩個方面：一是藥劑噴灑后與病原菌接觸直接殺死病原菌，即“接觸性殺菌作用”；另一種是把藥劑噴灑在植物體表面上，當病原菌落在植物體上接觸到藥劑而被毒殺，稱為“殘效性殺菌作用”。保護性殺菌劑主要有以下幾類：硫及無機硫化合物，如硫磺懸浮劑，固體石硫合劑等；銅制劑，主要有波爾多液，銅氨合劑等；有機硫化合物，如福美雙、代森鋅、代森銨、代森錳鋅等；酞酰亞銨類，如克菌丹、敵菌丹和滅菌丹等；抗生素類，如井岡霉素、滅瘟素、多氧霉素等；其它類，如葉枯靈、葉枯凈、百菌清、禾穗寧等。
  
      內吸性殺菌劑  施用于作物體的某一部位后能被作物吸收，并在體內運輸到作物體的其他部位發生作用，具有這種性能的殺菌劑稱為“內吸性殺菌劑”。內吸性殺蟲劑有兩種傳導方式，一是向頂性傳導，即藥劑被吸收到植物體內以后隨蒸騰流向植物頂部傳導至頂葉、頂芽及葉類、葉緣。目前的內吸性殺菌劑多屬此類。另一種是向基性傳導，即藥劑被植物體吸收后于韌皮部內沿光合作用產物的運輸向下傳導。內吸性殺菌劑中屬于此類的較少。還有些殺菌劑如乙膦鋁等可向上下兩個方向傳導。內吸性殺菌劑主要有以下幾類：苯并咪唑類，如苯菌靈、多菌靈、噻菌靈、硫菌靈與甲基硫菌靈等；二甲酰亞胺類，如異菌脲、乙烯菌核利等；有機磷類，如稻瘟凈、異稻瘟凈、三乙膦酸鋁等；苯基酰胺類，如甲霜靈等；甾醇生物合成抑制劑類，此類殺菌劑包括十三嗎啉、嗪氨靈、丁賽特、甲菌啶和乙菌啶、抑霉唑和咪酰胺、三唑醇和三唑酮等，從化學結構上看，他們分別屬于嗎啉、吡啉、吡啶、嘧啶、咪唑、1，2，4-三唑類化合物。甾醇合成抑制劑類殺菌劑兼具保護作用和治療作用，殺菌譜較廣。

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